Hinter dem Spital fand sich seit 1328 ein Friedhof, der zuerst nur für die Verstorbenen des Spitals diente, später zum allgemeinen Innsbrucker Friedhof erweitert wurde. Infolge der Neugestaltung des Rathauses in 2000er Jahren, wurden am Adolf-Pichler-Platz Gräber aus dieser Zeit gefunden, die jedoch nicht konserviert, sondern mussten dem Bau einer Tiefgarage weichen mussten.
1817 wurde das Innsbrucker Stadtspital, welches bisher vor allem im Bereich der Pflege von alten Menschen diente zu einem Krankenhaus umgewandelt, welches in seiner Leitung der medizinischen Fakultät unterstellt wurde. Die Pflege selbst wurde dem Orden der Barmherzigen Schwestern unterstellt, die aus diesem Grund ihr erstes Mutterhaus in Innsbruck errichteten. 1869-70 wurde der Bau erweitert, konnte jedoch aufgrund von Raumnot seine Bestimmung nur unzureichend erfüllen. 1879 wurde das heutige Klinikareal erworben und in der Pavilliontechnik ausgebaut. 1914 bestand die Innsbrucker Klinik bereits aus sechs Pavillons. Bis ins Jahre 1922 musste die Stadt sämtliche Kosten des Klinikums übernehmen, erst in diesem Jahr, wurde es dem Land übergeben.
1350 wurde in direkter Umgebung des Stadtspitals eine weitere ähnliche Einrichtung erbaut. Das so genannte Bruderhaus wurde von einer heute nicht mehr genau festzustellenden Bruderschaft für deren alte Mitglieder errichtet und betreut. Diese Einrichtung hatte bis ins Jahre 1895 Bestand.
In St. Nikolaus befand sich das Siechen- und Leprosenhaus, welches zur selben Zeit wie das Innsbrucker Stadtspital errichtet wurde. Diese Einrichtung stand nur erkrankten Innsbrucker Bürgern zur Verfügung. Die Innsbrucker Leprosen und die Haller schlossen sich zur Bruderschaft der armen Seelen zusammen. Am 3. Dezember 1502 wurde neben dem Siechenhaus die Kapelle zur Hl. Gottesmutter Maria, des hl. Bischofs Wolfgang und der Hl. Elisabeth geweiht. Schon wenige Jahre später war sie als Kapelle zum Hl. Nikolaus bekannt, wobei es sich nicht um den allseits bekannten Nikolaus handelte, sondern um den Hl. Nikolaus von Tolentino, der sich in der Krankenpflege stark engagiert hatte und als Patron der Leprosenbruderschaft galt. Aufgrund von Verwechslungen aufgrund von Bildungsmangel fand sich der im späten 16. Jahrhundert der Hl. Nikolaus von Myra plötzlich als Patron der Bruderschaft wieder und auch die Kirche wurde vom Volke ihm zugesprochen. Erst 1655 nach der Neuerrichtung der Kirche wurde diese dem Hl. Nikolaus von Myra geweiht Das Siechenhaus wurde 1789 abgebrochen.