Den genauen Zeitpunkt der Stadterhebung kann man Heute nicht mehr eruieren, er lag aber wahrscheinlich zwischen 1187 und 1204. Der Name Innsbruck wird jedenfalls erstmals im Jahre 1187 urkundlich genannt. 1230 wurde eine Münzstätte in der Stadt errichtet. Als Stadtherrn haben die Grafen von Andechs eine Burg innerhalb der Stadtmauern errichten lassen, welche sich am Platz der späteren Innkaserne stand.
Nach dem Aussterben der Grafen von Andechs kam Innsbruck in den Besitz der Grafen von Tirol, die ihren Stammsitz jedoch nicht in die Stadt am Inn verlegten, sondern weiterhin in Meran residierten.   

Stadtverwaltung im Mittelalter

1180 findet sich in den Urkunden erstmals ein Richter von Innsbruck,  der mit fünf Beisitzern die Stadtverwaltung innehatte.  In der Stadtrechtsurkunde von 1239 wurde festgelgt, dass dieses Amt nur im gegenseitigen Einvernehmen zwischen Stadtherrn und Bürgerschaft vergeben werden konnte.  1267 findet sich erstmals ein Siegel.
Ab 1315 lässt sich ein Stadtrat nachweisen, welcher zuerst wahrscheinlich aus 7 Mitgliedern, ab 1328 aus 12 bestand. 1354 wurde erstmals ein Bürgermeister in Innsbruck gewählt, was in Tirol erstmalig war. Er galt als Redner der Stadt, war Beisitzer und Stellvertreter des Stadtrichters. 
1337 findet sich in den Quellen erstmals ein Stadtschreiber.
Juristisch unterstand Innsbruck dem Gericht Sonnenburg, wobei seit dem 15. Jahrhundert die niedre Gerichtsbarkeit der Stadt zugestanden wurde. 1495 unter Kaiser Maximilian wurde kurzzeitig auch die Blutgerichtsbarkeit an einen Innsbrucker Richter übertragen, diese war jedoch an die Person des Walter Zeller des Älteren gebunden und verlosch nach dessen Tod wieder. 

Zwischen 1263 und 1288 wurde die Münzprägung wieder eingestellt, vor allem der Bischof von Augsburg versuchte mit allen Mitteln diese zu beenden, da die Innsbrucker Münzen eine starke Konkurrenz darstellten.

In den folgenden 150 Jahren stieg die Bedeutung Innsbrucks trotzdem stark an, da durch den Transit die wirtschaftliche Potenz wuchs.  Der Marktplatz befand sich am Platz vor dem später errichteten Goldenen Dachl, wobei die Hauptdurchzugsstrasse sich über die Herzog Friedrich Strasse und die Hofgasse erstreckte. Am Marktplatz wurden bereits im 14. Jahrhundert hölzerne Vorbauten als Geschäftslokale errichtet.  Aus diesen entwickelten sich im 15. Jahrhundert die Lauben, die jedoch aus Stein gefertigt waren. Da sich diese jedoch auf Allgemeingrund befanden, legte der Stadtrat 1440 fest, dass die Laubengänge immer offen zu halten seien und nicht geschlossen werden dürfen.  Da diese Bauten erst im Laufe der Zeit Haus für Haus erfolgten, stellen die einzelnen Bereiche jeder für sich ein Unikat dar.

Nachdem 1286 erstmals eine Kirche in Hötting urkundlich genannt wurde, wurde 1275 das Kirchlein St. Barthlmä genannt, welches sich innerhalb des Stadtgebietes befand.

Einen Ausbauschub erhielt Innsbruck 1281durch den Erwerb des Vorstadtgebietes durch Meinhard II., wodurch die Stadt sich weiter ausdehnen konnte. Es wurde nicht der Grund selbst erworben, sondern nur die Gerichtshoheit. Als Gegenleistung erhielt Wilten eine Zollbefreiung für Wein im Umfang  von 60 Saumpferden.  Diese Erweiterung ging bis etwa zum heutigen Alten Landhaus.