Der erste Bau stammte aus dem Jahre 1619, wurde jedoch bereits sieben Jahre später Opfer eines schweren Erdbebens und stürzte ein.  1927-46 wurde nach den Plänen von Christoph Gumpps die heutige Jesuitenkirche errichtet. Gestiftet wurde dieses Gebäude durch Erzherzog Leopold V. und es stellt einen für seine Zeit typischen reinen Barockbau dar. Das Äußere wurde jedoch erst 1901 fertig gestellt. Bis zu diesem Zeitpunkt fehlten sowohl die Türme als auch die Aussenfassde. Unter Erzherzogin Claudia wurde 1636 die Fürstengruft errichtet, wo sie und ihr Mann Leopold V. begraben sind.

Während des 2. Weltkrieges wurde die Kirche durch eine Fliegerbombe schwer beschädigt, wobei auch der Altar vollkommen zerstört wurde. Anstelle des ehemaligen pompösen Barockaltars wurde ein Seitenaltar übersiedelt.