1748 wurde in einer Wiener Hofresolution die Neuordnung der städtischen Verwaltung erlassen, welche in ihren Grundstrukturen verändert wurde. An der Spitze der Stadt stand ab dieser Zeit der Bürgermeister mit 5 Magistratsräten, welche für die Verwaltung, als auch die Rechtspflege zuständig waren. Sie wurden von einem Gubernialrates, der aus 24 Bürgern bestand, gewählt und sie wurden besoldet. Nach der Wahl mussten sich die Designierten beim Landes Gubernium einem Eignungstest unterziehen. Das Amt des Bürgermeisters war auf 4 Jahre beschränkt, des der Magistratsräte nicht.

War ab dieser Reform ein Studium der Rechtswissenschaften Voraussetzung, so verwarf die nächste Hofresolution von 1794 dieser Voraussetzung und führte ein neun köpfiges Rätegremium ein. Das Stadtgericht wurde vom Magistrat getrennt und das Amt des Stadtrichters wieder ins Leben gerufen, der jedoch eine juristische Ausbildung absolviert haben musste.

Unter bayrischer Herrschaft änderte sich die Verwaltung grundlegend, nach Ende der Besatzung wurde abermals die Verwaltungsstruktur geändert: 1815 wurde endgültig das Stadtrichteramt aufgelöst und Innsbruck in das bestehende System der Landesgerichte eingegliedert. 1821 wurde bestimmt, dass der Bürgermeister nicht mehr gewählt, sondern vom Landgubernator auf Lebenszeit eingesetzt und für seine Dienste besoldet wurde. Nachdem die Bestimmungen dieser Änderung bezüglich der Räte mehrmals verändert wurden, kam es 1874 zum „Provisorische Gemeindestatut der Landeshauptstadt Innsbruck", welches bis 1921 in Kraft blieb. Demnach wurde der Gemeinderat alle drei Jahre gewählt und vor allem dem Magistrat der Stadt die Rechte einer Bezirkshauptmannschaft zugestanden. Erst 1919 konnte sich das allgemeine Wahlrecht (nur auf Männer beschränkt) in Innsbruck anstelle des Zensuswahlrechts durchsetzen.

1921 wurde wieder ein achtköpfiger Stadtrat eingeführt, wobei der Gemeinderat auf 40 Mitglieder festgesetzt wurde.

In der Zeit des Ständestaats wurde 1935 ein neues Stadtrecht festgesetzt, dieses  sah einen Gemeindetag mit 28 Mitgliedern vor, welche nach berufsständischen Kriterien gewählt wurden. Der Bürgermeister wurde von diesem Gremium gewählt, musste selbst aber kein Mitglied des Gemeindetages sein. Dem Bürgermeister stand ein fünfköpfiger Gemeinderat zur Seite. Aufgrund mannigfacher Probleme wurde der erste Gemeindetag vom Landeshauptmann ernannt, die erste Wahl, welche 1939 stattfinden sollte, konnte aufgrund des Anschlusses in diesem Jahr nicht mehr durchgeführt werden.

Im März 1939 wurde abermals die Stadtregierung komplett verändert. Anstelle einer Wahl sollte die örtliche NSDAP einen Kandidaten empfehlen, den der Reichstatthalter dann für 12 Jahre zum Oberbürgermeister ernannte. Nach dieser Zeit sollte dann das Amt auf Lebenszeit vergeben werden. Die Ratsherren wurden wiederum auf Empfehlung der NSDAP vom Oberbürgermeister ernannt. Nach dem Ende der 2. Weltkrieges 1945 wurde das Gemeindestatut von 1921 wieder in Kraft gesetzt, wobei mangels einer Wahl der konstituierende Stadtrat entsprechend dem Ergebnis der Landtagswahl festgelegt wurde.