1303 wurde erstmals ein Schulmeister in Innsbruck erwähnt. Dieses Amt wurde jährlich vom Stadtrat durch Wahl vergeben. Seit dieser Zeit sind Namenslisten dieser Lehrer erhalten. Das erste Schulgebäude wurde 1469 am Domplatz errichtet. Im 16. Jahrhundert änderte sich allmählich die Bezeichnung „Schulmeister" zu „lateinischer Schulmeister. Nach dem Vorbild des Humanismus wurde auch im Stadtsiegel statt „Innsbrukka" „oenipons" verwendet. Neben dem Gymnasium, welches seit 1562 bestand, unterhielten die Jesuiten auch eine Trivialschule.  1587 wurde für die Schüler des Gymnasiums eine Art Internat eingerichtet. 1615 wurde in diesem Gebäude eine Grundschule mit weltlichem Lehrer auf Veranlassung Erzherzog Maximilians III. eingeführt. Diese Einrichtung hatte bis  1773 bestand. Die Bildung der Mädchen oblag dem Ursulinen Orden, der seit 1693 eine eigene Schule unterhielt. 1775 wurden in St. Nikolaus und Dreiheiligen weitere Grundschulen eingerichtet. Ein Faktotum stellt die „Theresianische Ritter Akademie" dar, welche sich an junge Adelige richtete und im heutigen Volkskunstmuseum untergebracht war. Diese Einrichtung wurde 1848 aufgelöst. Nach 1853 setzte ein verstärkter Schulbau ein, der bis heute andauert.

Universität

Am 15.10.1669 genehmigte Kaiser Leopold I. den Bau einer Universität in Innsbruck, welche durch Abgaben auf das Haller Salz finanziert werden sollte. Zusammen mit den Jesuiten begann die Landesregierung, diese Einrichtung schnellstens ins Leben zu rufen.

Die Fächern waren in drei Bereiche aufgeteilt: Logik, Physik und Metaphysik.

Um die Errichtung zu beschleunigen, wunde die bisherige letzte Klasse des Gymnasiums, welche sich der Dialektik widmete, in die Universität übernommen. Des Weiteren wurde der Bereich Physik 1669/70 errichtet. 1673/74 wurde die Medizinische Fakultät aus der Taufe gehoben.  1672-75 wurde das ehemalige Kleine Ballspielhaus Ferdinand II. in der Herrengasse zum Universitätsgebäude adaptiert. 1746 wurde im Bereich der Dogana die erste Universitätsbibliothek eröffnet. Nachdem der Jesuitenorden unter Kaiser Joseph II. aufgehoben wurde, übersiedelte die Universität 1776 in dessen Gebäude. Die Universität wurde zweimal aufgehoben: Das erste Mal in den Jahren 1782-1792 und unter bayrischer Herrschaft 1810-1826.  Kurz vor Beginn des ersten Weltkrieges wurden Planungen zur Verlegung an den Innrain aufgenommen, welche erst 1923/24 abgeschlossen wurde und die meisten Fakultäten übersiedelten. Die bisherigen Gebäude werden bis heute von der Universität benutzt.