In der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts wurde die Burg von den Herrn von Eppan errichtet, nachdem die Stammburg durch die dauernde Konflikte mit den Grafen von Vintschgau zu unsicher geworden war. Wahrscheinlich war der Standort schon in rätischer Zeit mit einer Verteidigungsanlage versehen worden, was auch archäologische Funde bestätigen. In der ersten Bauphase wurde der Kern der Anlage errichtet, der Bergfried, die Kapelle und der Palas, welche von einer dicken stabilen Mauer umgeben waren, und noch durch einen Graben geschützt wurde. Ein wenig unterhalb der Festung wurde der so genannte Kreideturm als eine Art Vorwerk errichtet, der vor allem für Signalfeuer (Kreidfeuer) verwendet wurde. 1159 überfielen die Grafen von Eppan eine Gesandtschaft des Papstes, worauf der Bischof von Trient und Heinrich der Löwe die Festung belagerte, welche sich ergeben musste. Die Eppaner mussten den Trienter Bischof wieder als Lehensherr anerkennen und die Burg den Grafen von Vintschgau übergeben, bekamen sie aber später wieder zurück. Um 1200 wurde die Anlage durch eine Vorburg erweitert.

 

Aufgrund der grundlegenden Änderung im militärischen Bereich während des Überganges zwischen Mittelalter und Neuzeit, welche durch die Entwicklung von Feuerwaffen eingeleitet wurde, war es eine Notwendigkeit, die bisherige Festungsanlagen auszubauen: Im 16. Jahrhundert erhielt deshalb Hocheppan ein offenes Rondell und zwei Batterietürme. Später wurden keine weiteren Umbauten an der Anlage mehr vorgenommen.

Bis 1828 bildete die Anlage mit den ihr zugewiesenen Wirtschaftsgebäuden ein eigenes Gericht. War das Gericht Hocheppan zusammen mit dem Bau eingerichtet worden, so erhielt es 1363 auch die Hochgerichtsbarkeit. Zum Gericht gehörten: sechs Höfe und elf Behausungen in Missian, das Wirtshaus zum Adler, eine Mühle in Unterrain, drei Höfe in Perdonig und Schloss Korb. Im 15. Jahrhundert ging das Gericht an die Burg Altenburg.