Die erste Besiedelung im Bereich der heutigen Klosteranlage fand im 4. Jahrtausend vor Christus statt. Die Besiedelung scheint kontinuierlich verlaufen zu sein, da sich späte römische Spuren finden. Das Eisack und das Pustertal gehörten zur Provinz Norikum und Säben war augrund seiner Lage sowohl militärisch, als auch wirtschaftlich, wegen des Bergbaues, bedeutsam. Um 350 n. Chr. existierten unterhalb der Weinberge im Gebiet der Marienkirche mehrere kleine Häusergruppen hauptsächlich für Handwerker.

 Am Ende des römischen Reiches wurden mehrere Gebiete von ihrem Mutterland abgeschnitten und die romanische Bevölkerung bildete Enklaven, welche zumeist Milizen schützten. Im Eisacktal wurde das bisherige Zentrum in Stufels zerstört und die Milizen und die Bevölkerung zogen sich auf den Felsen bei Säben zurück. Um 400 nach Christus wurde eine Neubesiedelung vorgenommen: die Hütten wurden abgerissen und eine Kaserne nach römischen Vorbild im Bereich der heutigen Frauenkirche angelegt. Diese war zwar mit römischer Technik errichtet, aber wie Grabungen belegen sehr ärmlich ausgestattet worden. So fehlten Heizung und gemauerter Boden. Die Rückwand bildete der Fels. Im Bereich des heutigen Klosters bildete sich eine weitere Siedlung heraus. Um 600 nach Christus wurde im Bereich der heutigen Kreuzkirche ein Gotteshaus errichtet.

Bereits zu dieser Zeit hatte die Anlage eine Taufkirche. Diese war in den Kasernenbau integriert. Von dieser Kirche wurde das Taufbecken später in die Sakristei der Kirche zum Hl. Kreuz überführt. Dieses Relikt aus dem frühen Urchristentum mit Erwachsenentaufe wurde später in der Gotik mit Bauschutt zugeschüttet und ein Bretterboden darüber gelegt. Heute ist es wieder freigelegt.

Um 400 wurde unterhalb der Kaserne eine weitere Kirche errichtet: Die Kirche im Weinberg hatte eine Länge von 27,4 Metern und eine Breite 13,7 Metern. Der Eingang war im Westen, wodurch der Altar nach Osten zeigte. Dieser Innenraum war geteilt, wobei der Chorschranken Laien und Kleriker trennten. Im 6. Jahrhundert kam es  zu einem Umbau, bei dem die bisher sehr einfache Ausstattung verbessert wurde.  Am Ende des Jahrhunderts wurde der Altar abgebrochen, und die Reliquien entfernt. Es wurde ein Herd eingebaut und archäologische Funde deuten darauf hin, dass die Kirche zu dieser Zeit als Soldatenquartier diente, Verstorbene in ihr aber noch beerdigt wurden. Um 600 wurde das Gotteshaus durch einen Bergrutsch teilweise zerstört, welches wieder aufgebaut wurde, bis es um 700 nach Christus aufgelassen wurde und es fanden dort auch keine Beerdigungen mehr statt.  In diesem christlich-romanischen Umfeld entwickelte sich zu dieser Zeit ein Bistum. Die Theorie, dass Säben als Bistum durch einen geflüchteten Augsburger Bischof entstanden sei, konnte bislang nicht durch archäologische Funde belegt werden.

Die zeitliche Errichtung lässt sich auf die Zeit nach 500 eingrenzen, da sich Säben als Diözese nicht an Mailand (wäre vorher üblich gewesen vg. Chur) sondern bereits an Aquilea anlehnte. 

Um 600 nach der bayrischen Landnahme hatte Säben als weltliches Zentrum an Bedeutung verloren, jedoch begann ab dieser Zeit der Ausbau der Feldkuppe als kirchliches Zentrum.  An der Spitze wurde eine Siedlung für den Klerus errichtet, deren Zentrum die Heilig Kreuz Kirche darstellte, die als Doppelkirche angelegt wurde.  Der Heilige Ingenuin (gestorben um 600) wurde im Atrium unter einem Baldachin in der Nordkirche beigesetzt.

Nach den Wirren des Frühmittelalters kehrte durch Kaiser Otto dem Großen wieder Normalität in der Region ein und der Bischof von Säben musste danach trachten, den sicheren Felsen von Säben zugunsten einer städtischen Siedlung an der Transitstrecke zum Brenner zu verlassen. 975 schließlich wurde die bischöfliche Gründung Brixen zum neuen Sitz des Episcopus von Säben. Säben wurde zum Kloster, so wird der Felsen im Jahre 1028 in einer Urkunde als „monasterium" bezeichnet. Kaiser Konrad II. schenkte dem Marienkloster die Klause und die Zölle bei Klausen. Säben erlangte bald eine neue Bedeutung, indem es zur bischöflichen Hauptburg ausgebaut wurde und dem Bischof in Krisenzeiten als wichtigste Trutzburg diente. Im 11. und 13. Jahrhundert wurde diese Anlage ausgebaut, so kamen neben Wehrbauten auch ein Palastbau hinzu und die Hl. Kreuz Kirche wurde neu errichtet. Ein Burggraf übernahm die Verwaltung und Verteidigung der Anlage. Erstmals wurde ein solcher im Jahre 1075 urkundlich genannt. Die Ausmaße der Burg sind nicht bekannt, jedoch kann angenommen werden, dass sie sich neben der Hl. Kreuz Kirche befand. Im 14. Jahrhundert wurde die Hl. Kreuz Kirche gotisiert und die Marienkapelle erweitert. Aufgrund der Gefahr einer türkischen Invasion wurde 1482 ein tieferer Brunnen angelegt und somit die Anlage gegen Belagerungen verbessert. 1533 wurde die Anlage durch einen Blitzschlag und dem damit verbundenen Feuer beinahe vollständig vernichtet. Der Sitz des Hauptmannes von Säben wurde nach diesem Unglück nach Branzoll verlegt. Nach dieser Naturkatastrophe blieb Säben für 150 Jahre verwaist. 1652-58 wurde die Liebfrauenkirche durch die Bürger von Klausen neu erbaut, der in der Folgezeit der Umbau der Hl. Kreuz Kirche und die Errichtung des Frauenklosters folgten. 1685 wurde dieses von den Benediktinerinnen  vom Nonnsberg aus Salzburg bezogen. Obwohl Säben dem Bischof von Brixen unterstand, waren die Reformbestrebungen Josephs II. eine große Gefahr für den Konvent, da der Bischof von Brixen in vielem den Kaiser unterstützte. So wurde auch für mehrere Jahre die Aufnahme von Novizinnen in Säben verboten.

1796 als Napoleon die österreichischen Truppen in der Lombardei besiegte und Trient besetzte, wurden in Säben österreichische Truppen einquartiert. Ein Jahr später sollte Säben zur Festung ausgebaut werden, was aber daran scheiterte, dass die Bauern sich weigerten Schanzarbeiten auszuführen. Am 25. August 1808 wurde Säben durch die bayrische Regierung aufgehoben und die Kirchenausstattung wurde in Klausen versteigert. 1809 wurde zwar das Kloster neuerlich erlaubt, litt aber in der Folgezeit unter bayrischer und französischer Besatzung.

Aufgrund der Gefahr des Abrutschens des Felsen, musste um 1880 die Klosteranlage saniert werden. So wurde die Klosterkirche mit einer neuen östlichen Kirchenmauer ausgestattet und dem Gotteshaus eine Sakristei angebaut.  1883 wurde der Klosterbau um einiges niedriger umgebaut und sämtliche Fenster und Türen neu ausgebrochen.  Der Torturm aus dem Mittelalter war so baufällig geworden, dass er geschliffen werden musste. Der Zugangsweg wurde ebenfalls verlegt und führte nicht mehr mittig zum Kloster, sondern am Westrand des Felsen, wo teilweise dafür Tunnel aus dem Berg gesprengt werden mussten.  Ein neuer Trakt, der westliche Klosterflügel, wurde ebenfalls errichtet. Durch diese Umbauarbeiten verlor Säben das Aussehen einer mittelalterlichen Festung.

Autor: Mag. Michael Fritz